『鋼鉄ジーグ』から50年後の2025年。九州全域は50年前に発生した謎のゾーンに覆われたままになっていた。　　その九州に近い下関にハニワ幻神（げんじん）が再び出現。草薙剣児は鋼鉄神ジーグのパイロットとなり、幼馴染の珠城つばきや親友の美角鏡らと共に新ビルドベースの下、妃魅禍率いる邪魔大王国に戦いを挑む。